O movimento das residências médicas no Brasil surgiu seguindo o modelo norte-americano, que visava complementar o ensino teórico-prático dos jovens médicos. A residência médica nos Estados Unidos surgiu no final do século XIX. No século XX a residência médica difundiu-se por todos os Estados Unidos contribuindo para a melhor formação dos médicos americanos, passando a ser uma exigência para todo o País em 1933.

Após o sucesso americano, a residência médica foi criada no Brasil na década de 40. Para atender as demandas sociais do país, este tipo de programa se multiplicou. Em 1944, com a inauguração do Hospital das Clínicas da FMUSP, teve início o Programa de Residência Médica, posteriormente regulamentada pelo Governo Federal. Os Médicos Residentes eram denominados Médicos Internos, no primeiro ano, e Médicos Adjuntos, no segundo ano. A partir de 1962, os médicos passaram a ser denominados Residentes.

Em 1964 a residência médica adquiriu status de pós-graduação.

Em 1970 o processo de especialização médica teve o seu auge. Durante esta década, a maioria dos residentes médicos era alocada nos hospitais do INAMPS (Instituto Nacional de Assistência Médica e Previdência Social).

A residência médica foi oficializada em 1977 pelo do Decreto nº 80.281, de 5 de setembro de 1977, que também criou a Comissão Nacional de Residência Médica, com o objetivo de estabelecer normas e requisitos mínimos para o credenciamento de programas de Residência Médica.

Os programas de residência médica da década de 70 até a atualidade cresceram numericamente, bem como a distribuição de bolsas concedidas pelo Ministério da Educação e Cultura (MEC).

Fazem parte dos Programas que atuam no InRad e no restante do Complexo do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da USP as Residências Médicas de Medicina Nuclear (criada em 1987), de Radiologia e Diagnóstico por Imagem (criada em 1944) e de Radioterapia (criada em 1965).